ކަޅުވަކަރު މިސްކިތަކީ ތަފާތު ކުރެހުން އަޅައިފައި ހުރި، ފާރުތައް ހިރިގަލުން ހަދައި، ބިންވަޅު ނަގައިފައިވާ މިސްކިތެކެވެ. މުޅިން ކަޅުވަކަރާއި ހިރިގާ ބޭނުން ކޮށްގެން ހަދާފައި ހުރި އެވަރުގެ ދެވަނަ މިސްކިތެއް މުޅި ރާއްޖޭގައި ވެސް ނެތެވެ. މި މިސްކިތުގައި ހިރގަލުން ބިންވަޅުނަގައި ލިޔެވިފައިވާ ލިޔުމަކުން އެނގޭ ގޮތުގައި މިސްކިތް ބިނާ ކުރެވުނީ އައްސުލްތާން ޙަސަން ނޫރައްދީން އިސްކަންދަރު ކައްތިރި ބަވަނަ މާހަރަދުންގެ ރަސްކަމުގެ 10 ވަނަ އަހަރެވެ. މި ރަދުން ރަސްކަން ކުރެއްވީ 1779މ. އިން 1799މ. އަށެވެ.

ކަޅުވަކަރު މިސްކިތް އިހަށް ހުރީ މަޖީދީމަގާއި ކަރަންކާމަގާއި އިންވީ ހުޅަނގު އުތުރު ކަންމަތީގައެވެ. މި މިސްކިތް އުވާލެވުނީ 8 އޯގަސްޓް 1978 ގައެވެ. މި މިސްކިތް 1 އޮކްޓޯބަރ 1978 ގައި ސަރުކާރުން ނީލަން ކިޔުމުން، މިސްކިތް ނެންގެވީ   ފުރަނަ ޓުއަރިސްޓް ރިސޯޓަށެވެ. ކަޅުވަކަރު މިސްކިތަކީ އާސާރީ ތަނެއް ކަމުގައި ވުމާއެކު ސަރުކާރުން އެ މިސްކިތް ބޭނުންފުޅުވާތީ، އެ ރިސޯޓުން އެ މިސްކިތް ދިވެހި ސަރުކާރަށް ހަދިޔާ ކުރެއްވިއެވެ. މިކަން ހިނގީ 22 ފެބްރުއަރީ 1979 ގައެވެ.  ދެން މި މިސްކިތް އަލުން ރާވާފައި ބެހެއްޓުނީ ސަލްޓަން ޕާކުގެ އުތުރު އިރު ކަންމަތީގައެވެ. 

2008 ވަނަ އަހަރު ދިވެހިބަހާއި ތާރީޚަށް ޙިދުމަތްކުރާ ޤައުމީ މަރުކަޒުގެ ފަރާތުން ކަޅުވަކަރު މިސްކިތުގެ އާބާތުރަފިލުވުމުގެ މަސައްކަތްވަނީ ކޮށްފައެވެ. 

2016މ. ވަނަ އަހަރު ރަސްފަންނު ބަގީޗާ ތަރައްޤީކުރުމުގެ މަޝްރޫޢު ކުރިއަށް ގެންދިއުމަށްޓަކައި ކަޅުވަކަރު މިސްކިތް ވަނީ ރޫޅާލެވިފައެވެ. މިސްކިތް ރޫޅާލާފައިވާއިރު މިސްކިތުގެ އެންމެހާ ބައިތަކާއި ތަކެތި ވަނީ ރައްކާތެރިކަމާއެކު ދޭންޖެހޭ ފަރުވާދީ މި މަރުކަޒު (އޭރުގެ ޑިޕާޓްމެންޓް އޮފް ހެރިޓޭޖް)ގެ ބެލުމުގެ ދަށުގައި ބެހެއްޓުނެވެ.

ކަޅުވަކަރު މިސްކިތް ރޫޅާ ބެހެއްޓުމަކީ ރައިސް އިބްރާހިމް މުޙައްމަދު ސާލިޙުގެ ސަރުކާރުގެ ފުރަތަމަ 100 ދުވަހުގެ ތެރޭގައި ކުރަން ވަޢުދުވެފައިވާ ކަންކަމުގެ ތެރެއިން ހިމެނޭކަމެއް ކަމުން މި މަޝްރޫޢުގެ މަސައްކަތް 2018 ވަނަ އަހަރު ވަނީ ފެށިފައެވެ. އާންމުންގެ މަޝްވަރާއާއި ޚިޔާލު ހޯދާ ދިވެހި ވަޑިންނާއި މަސައްކަތްތެރިންގެ ޓީމެއް ހިމެނޭގޮތަށް ކަޅުވަކަރު މިސްކިތް ވަނީ އަލުން ރާވާ ޗާންދަނީ މަގާއި މެދުޒިޔާރަތް މަގު ގުޅޭ ކަންމަތީގައި ވަނީ ބެހެއްޓިފައެވެ. މި މަސައްކަތުގެ ތެރެއިން ދިވެހިރާއްޖޭގެ ހިރިގަލު މިސްކިތްތައް އިމާރާތް ކުރާގޮތް ފުރޭފުކުރެވިފައެވެ. މީގެ ސަބަބުން ހިރިގަލު މިސްކިތްތައް މަރާމާތުކުރުމާއި ބެލެހެއްޓުމާ ގުޅޭ ދިރާސާތައް ހެދި މައުލޫމާތު އެއްކުރެވިފައިވެއެވެ. އެގޮތުން ހިރިގަލު މިސްކިތްތަކަށް ދިމާވާ އެންމެ ބޮޑު އެއް މައްސަލަ ކަމުގައިވާ ކަތުރުފަނީގެ މައްސަލަ ހައްލުކުރުމުގައި އެންމެ އެކަށޭނެ ގޮތާއި މެދު މައުލޫމާތު ލިބުނެވެ.

 މި މިސްކިތުގެ ފުރަތަމަ ގައު ރައީސް އިބްރާހީމް މުޙައްމަދު ޞާލިޙް ބަހައްޓަވައި ދެއްވީ 2019 ސެޕްޓެމްބަރ 19 ވީ ބުރާސްފަތި ދުވަހުއެވެ. މިސްކިތް ހުޅުވުނީ 2020 ނޮވެމްބަރ 17 ވަނަ ދުވަހުއެވެ.